Najczęściej występują zmiany kostno-chrzęsitne, bo już po kilku tygodniach od zakażenia płodu. Daleko posunięte zmiany osteochondritis mogą doprowadzić do oddzielenia się nasady chrzęstnej od części przynasadowej kości. Zmiany te mają swój odpowiednik kliniczny w tzw. rzekomym porażeniu Par- r o t a.
Zmiany w ośrodkowym układzie nerwowym. Najczęściej obserwuje się wy-stępowanie kiły nerwowej bezobjawowej ze zmianami w płynie mózgowo-rdzeniowym. Początkowo występują w płynie odczyny zapalne, jak: pleocytoza, powiększenie ogólnej ilości białka, dodatnie odczyny globulinowe. Odczyny swoiste dla kiły, jak odczyn Wassermanna, w płynie występują później. Ponieważ zajęcie ośrodkowego układu nerwowego przebiega bezobjawowo, dlatego ważne jest badanie płynu mózgowo-rdzeniowego u wszystkich kiłowych niemowląt. Bardzo wcześnie również może wystąpić zapalenie miękkich opon, w następstwie czego może powstać wodogłowie kiłowe. Narasta ono powoli i nie doprowadza do tak znacznego powiększenia czaszki, jak to ma miejsce w wodogłowiu wrodzonym. Rzadko wodogłowiu mogą towarzyszyć drgawki i oczopląs.